Der Kernalgorithmus nutzt die Bewerter und die Operatoren, um den genetischen Algorithmus zu realisieren. Er soll möglichst einfach gehalten und flexibel sein.
Die Bewerter für Individuen oder Operatoren sind (über Parameter) austauschbar.
Der Kernalgorithmus beinhaltet einmal die Hauptschleife des genetischen Algorithmus, in dem die Operatoren aufgerufen und Individuen erzeugt werden.
Als zweite Schleife existiert im Algorithmus die Selektionsschleife. Durch sie werden Individuen gelöscht.
Des Weiteren stellt der Kernalgorithmus Funktionen für die Operatoren bereit. Die Operatoren werden vom Kernalgorithmus über eine Methode aufgerufen, die für alle Operatoren gleich ist. Danach holen sich die Operatoren über Funktionen des Kernalgorithmus spezifische Werte aus dem Algorithmus, wie z. B. die Individuen, auf denen die Operationen arbeiten. Auf diese Weise sehen die Operatoren für den Kernalgorithmus immer jeweils gleich aus, und er benötigt keine Logik speziell für einen bestimmten Operator. Damit werden auch zukünftige Anpassungen der Operatoren vereinfacht, da nicht die Schnittstelle aller Operatoren angepasst werden muss, sondern nur die Funktionen, welche der Kernalgorithmus bereitstellt.
Die Aufrufmethode für die Operatoren soll flexibel sein, so dass auch Operatoren nebenläufig gestartet werden können und nicht auf die Beendigung jedes Operatoraufrufs gewartet werden muss. Die Operatoren sollten getrennt vom Kernalgorithmus laufen und diesen nur über die vorgegebene Schnittstelle beeinflussen können. Ein fehlerhafter Operator soll also nicht zu Fehlern im oder zur Beendigung des Gesamtsystems führen.